Insbesondere ihre landeskundlich-regionalhistorische Arbeit hat die Stiftung mit eigenen Publikationen begleitet, für die sie fachkundige Autoren gewinnen konnte. Mit ihren Veröffentlichungen zu den Baudenkmalen des Plöner Schlossgebiets hat sie wesentliche Akzente für den Erhalt des wertvollen Gebäudeensembles gesetzt. Darüber hinaus hat die Stiftung zu landes- und naturkundlichen Themen zahlreiche Publikationen anderer Herausgeber gefördert.

Hier ein Überblick zu den Eigenpublikationen der Stiftung:
•Silke Hunzinger (1997): Schloss Plön. Residenz - Adliges Armenhaus - Erziehungsanstalt. Eutin  (vergriffen)
•Sybille Kalwies & Marius-Böger-Stiftung (1997): Spaziergänge durch die Geschichte der Stadt Preetz. Ein Heft für Kinder. Plön (vergriffen)
•Silke Hunzinger & Henning Höppner (1999): Schloss Plön. Prinzenhaus - Schloßgarten. Sehnsucht nach Arkadien. Eutin  (vergriffen)
•Marius-Böger-Stiftung (1999): Plön entdecken. Eine Stadtgeschichte für Kinder. Plön  (vergriffen)
•Marius-Böger-Stiftung (2000): Geschichte er-fahren. Radtouren um Plön. Plön (vergriffen)
•Silke Hunzinger & Bernd Perlbach (2009): Plön entdecken. Stadt und Schloss. Flensburg
•Martin Becker, Gert Kaster & Christine Becker (2007): Kulturlandschaft Holsteinische Schweiz. Neumünster
in Zusammenarbeit mit dem Schleswig-Holsteinischen Heimatbund.

Zudem wurden folgende Beiträge in Jahrbüchern und Sammelbänden veröffentlicht:
•Heydemann, Fritz (1995): Das „Vernässungsprojekt Lilienthal“ – ein neues Gewässer entsteht. In: Jahrbuch für Heimatkunde im Kreis Plön, 25. Jg.
•Hansen, Jürgen (1998): Das Reithaus in der Plöner Schlossanlage – Bilanz eines Denkmalprojekts. In: Jahrbuch für Heimatkunde im Kreis Plön, 28. Jg.
•Hansen, Jürgen (1999): Die Marius-Böger-Stiftung: Innenansichten. In: Jahrbuch für Heimatkunde im Kreis Plön, 29. Jg.
•Heydemann, Fritz (2011): Preetzer Postseefeldmark. In: Deutscher Verband für Landschaftspflege & Stiftung Naturschutz Schleswig-Holstein (Hrsg.): Wilde Weiden – ein Naturführer. Husum